Depuis le nord du Mexique jusqu'au sud du Pérou, les collections du musée couvrent une période allant du premier millénaire avant notre ère jusqu'à la conquête espagnole.
Une introduction en paléontologie puis la découverte des collections d’Égypte antique, du Gers antique et des origines gallo-romaines d'Auch à travers vestiges et statues, ouvrent ensuite sur les collections médiévales.
Faïencerie, Théâtre à l'Italienne, vie paysanne, folklore gascon, costumes et jeux traditionnels, rugby et conserverie : Auch et la Gascogne vues à travers les âges.
Des collections d’œuvres d'artistes gersois, rassemblées notamment au fil des édifices nationaux et des maisons du département sous la Révolution, forment, avec les donations, le fonds constitutif du Musée.
