L’histoire mouvementée du musée d’Auch débute sous la Révolution quand les citoyens Dartigoyete et Cavaignac décrètent, par un arrêté du Directoire du Gers en date du 26 frimaire an II (16 décembre 1793), de la création d’un « muséum provisoire » à Auch. Il s’agit alors du second musée né de la Révolution en France après le Muséum central de Paris (le Louvre) institué le 10 août de la même année.
Dès 1793, les premières collections sont rassemblées. Le citoyen Jean-Baptiste Lartet, professeur de l’école des arts, est autorisé par le même arrêté à parcourir les districts du département du Gers et à rechercher dans les édifices nationaux et les maisons des émigrés, les tableaux, statues, gravures et autres monuments des arts. Une grande partie des oeuvres qui vont alimenter le fonds constitutif du musée provient notamment du cabinet du dernier Intendant de la Généralité d’Auch, Claude François Bertrand de Boucheporn. Amateur d’art éclairé, il avait réuni une belle collection de peintures.
Parmi les oeuvres les plus intéressantes, il faut signaler un tableau de François Tournier, Joueur de flûte et femme tenant une rose, ainsi qu’une copie ancienne du Jésus devant Pilate du Tintoret peint pour la Scuola Grande di San Rocco à Venise.
En 1801, le premier inventaire réalisé mentionne 200 oeuvres dont 69 tableaux, 8 dessins, 106 gravures et 17 sculptures.